Μετά την Τέταρτη Σταυροφορία η μονή Καισαριανής αναφέρεται από τον πάπα Ιννοκέντιο Γ΄. Φαίνεται όμως ότι έμεινε στα χέρια των Ορθοδόξων, ενώ άλλες εκκλησίες και μονές πέρασαν σε λατίνους κληρικούς.
Την περίοδο της Φραγκοκρατίας χτίστηκε νοτιοδυτικά της μονής μια μονόκλιτη εκκλησία, που σήμερα είναι εγκαταλελειμμένη.
Μια επιστολή του 1209 αναφέρει ότι η παραγωγή από τα μελίσσια δόθηκε στον ηγούμενο της μονής. Τέσσερα χρόνια αργότερα ο Μιχαήλ Χωνιάτης διαμαρτύρεται ότι δεν έλαβε εισόδημα, και ο ηγούμενος απαντά ότι τα μελίσσια καταστράφηκαν.
Για την Ενετοκρατία στον Υμηττό δεν βρέθηκε επαληθευμένη πηγή, γι' αυτό δεν γράφουμε τίποτα εδώ.